一、蛋白质组学技术及其在脑胶质瘤研究中的应用(论文文献综述)
郭佳[1](2021)在《肾透明细胞癌定量蛋白质组学研究及ANXA4对肾透明细胞癌生物学功能的调控》文中研究说明肾细胞癌是发病率仅次于膀胱癌的泌尿系统肿瘤。肾透明细胞癌是肾细胞癌中最为常见的组织学类型,也是导致肾癌患者死亡的主要病理类型。因此研究肾透明细胞癌的发生、发展有重要的意义。肾透明细胞癌对于化疗、放疗均不敏感,早期肾透明细胞癌的首选治疗方法为手术治疗,晚期肾透明细胞癌依赖于靶向治疗,但治疗效果欠佳。如何提高肾癌的早期诊断率,延缓或阻断肾癌的远处转移,延长晚期肾癌患者的生存时间成为肾癌领域研究的主要目的。高通量组学技术的发展,为探寻肿瘤的早期诊断标记物和精准治疗靶点提供了有力的研究手段。Annexin A4是Annexins蛋白家族成员,可以调节细胞膜通透性和膜转运,诱导钙离子信号转导,在细胞外吞和膜修复中发挥作用,参与细胞生长和凋亡。既往研究发现Annexin A4在多种上皮肿瘤中表达异常,与肿瘤的进展、侵袭、迁移、粘附和耐药性相关。为探究肾透明细胞癌的蛋白质组学特点,分析其发生发展过程中关键的生物学标志物,探究ANXA4在肾透明细胞癌中所发挥的作用,进行了以下四部分研究。第一部分:肾透明细胞癌与癌旁组织的差异蛋白质组学研究为建立肾透明细胞癌差异蛋白表达谱,探寻肾透明细胞癌可能的生物标志物,采用TMT标记的二维液相色谱-质谱联用技术对12对肾透明细胞癌组织及癌旁组织进行蛋白质组检测。通过Metascape数据库对差异蛋白进行GO分析及KEGG分析。结果发现,与癌旁组织相比,在肾透明细胞癌组织中显着高表达的蛋白为:CA9、NNMT、NDUFA4L2、PLIN2、SCGN、SLC16A3、TYMP、TGM2、ANXA4、AHNAK2、PFKP等。在肾透明细胞癌组织中显着低表达的为:MT2A、GATM、ACSF2、CPQ、SMIM24、PLA2G4F、ACY1、NDUFA4、GPX3、UMOD、TACSTD2、SLC13A3等。GO分析和KEGG分析发现,差异蛋白主要参与到与细胞代谢、增殖、侵袭、凋亡相关的功能、通路。结果表明,利用TMT标记的定量蛋白质组学技术可以建立肾透明细胞癌及癌旁组织中差异蛋白表达谱。ANXA4等可能作为肾透明细胞癌生物标记物的候选蛋白。第二部分:Annexin A4多克隆抗体的制备及其在肾透明细胞癌中的差异表达验证为验证第一部分研究中关于ANXA4差异表达的结果,我们按下述方法制备了ANXA4多克隆抗体:通过优化条件,设计并合成Annexin A4多肽片段,以此为抗原免疫新西兰兔,收集含有多克隆抗体的血清,经过抗体纯化后,获得高效价及高特异性的ANXA4多克隆抗体。应用该抗体,通过免疫印迹及免疫组化方法验证肾透明细胞癌及癌旁组织中Annexin A4蛋白的表达量及表达位置,并分析Annexin A4表达水平与肾透明细胞癌临床病理参数之间的关系。结果发现,ANXA4在肾透明细胞癌组织中的表达量高于癌旁组织,其表达量与肿瘤TNM分期、淋巴结转移情况相关(p<0.01)。ANXA4在肾透明细胞癌组织中趋向胞膜表达,在癌旁组织中趋向胞浆表达。结果表明,ANXA4在肾透明细胞癌中高表达,且表达量与肾透明细胞癌的TNM分期、淋巴结转移相关。ANXA4在肾透明细胞癌中存在异位表达。第三部分:ANXA4对肾透明细胞癌细胞生物学行为的影响为了进一步明确ANXA4对肾透明细胞癌生物学行为的影响,应用过表达质粒转染技术及sh RNA慢病毒侵染技术分别构建ANXA4稳定过表达及沉默表达的肾透明细胞癌786-O细胞系。通过细胞划痕实验、Transwell实验、流式细胞术检测细胞凋亡、Hoechst33258染色检测细胞凋亡、CCK8增殖实验、克隆形成实验从体外水平观察ANXA4对肾透明细胞癌细胞迁移、侵袭、凋亡、增殖等生物学行为的影响。通过肿瘤细胞裸鼠皮下荷瘤、腹腔注射等方法,从体内水平加以验证。结果发现,ANXA4过表达后,肾透明细胞癌786-O细胞迁移、侵袭能力明显增加,抗凋亡能力增强,增殖能力无明显变化。ANXA4沉默表达后,786-O细胞迁移、侵袭能力明显下降,抗凋亡能力减弱,增殖能力无明显变化。裸鼠皮下成瘤实验证实ANXA4对786-O细胞体内增殖能力无明显影响,肿瘤细胞裸鼠腹腔注射证实ANXA4过表达可增强786-O细胞体内侵袭能力。结果表明,ANXA4可促进肾透明细胞癌细胞迁移、侵袭,增强其抗凋亡能力。第四部分:ANXA4影响肾透明细胞癌生物学行为的机制研究为进一步探究ANXA4影响肾透明细胞癌生物学行为的机制,我们选择与细胞侵袭、迁移、凋亡密切相关的关键分子:E-cadherin、Snail、MMP9、Bcl2,及可能调控它们的通路蛋白:ERK1/2、p ERK1/2、β-catenin、pβ-catenin,应用western blot技术检测ANXA4过表达及沉默786-O细胞中上述蛋白的含量。结果发现,与对照组相较,ANXA4过表达后,786-O细胞中E-cadherin表达减少(p<0.01),其抑制因子Snail表达增多(p<0.0001),MMP9表达增多(p<0.01);p ERK1/2表达增多,p ERK1/2与ERK1/2比值增大(p<0.001);β-catenin表达量高于对照细胞,β-catenin与pβ-catenin比值增大(p<0.05);Bcl2表达增多(p<0.001)。ANXA4沉默表达后结果相反。结果表明,ANXA4可能通过ERK/MAPK/E-cadherin/β-catenin通路调控肾透明细胞癌细胞的迁移、侵袭及凋亡。通过以上研究,我们得出以下结论:1.利用TMT标记的定量蛋白质组学技术可建立肾透明细胞癌及癌旁组织中差异蛋白表达谱。ANXA4、CA9、NNMT、NDUFA4L2、PLIN2、SCGN、SLC16A3、TYMP、TGM2、AHNAK2、PFKP等可能作为肾透明细胞癌生物标记物的候选蛋白。2.ANXA4在肾透明细胞癌中高表达,且表达量与肾透明细胞癌的TNM分期、淋巴结转移相关。ANXA4在肾透明细胞癌中存在细胞内异位表达。3.ANXA4可促进肾透明细胞癌细胞迁移、侵袭,增强其抗凋亡能力。4.ANXA4可能通过ERK/MAPK/E-cadherin/β-catenin通路调控肾透明细胞癌细胞的迁移、侵袭及凋亡。
张宇,刘东伟,梁璐璐,潘少康,张少雷,刘章锁[2](2021)在《蛋白质组学在糖尿病肾病生物标志物应用中的研究进展》文中提出糖尿病肾病是糖尿病常见并发症, 是终末期肾病的主要病因, 已成为危害人类健康的重大疾病。现有临床常用诊断指标的灵敏度和准确性存在不足, 亟需新型生物标志物的挖掘应用。本文基于蛋白质组学研究技术, 从糖尿病肾病诊断预测、进展预后、治疗靶点3个方面对蛋白质组学在糖尿病肾病生物标志物研究中的应用进行综述。随着肾脏病学开始朝着精确医学方向发展, 蛋白质组学技术将是重要抓手, 以针对不同的患者使用个体化方案来改善诊断、治疗和预后。
王文平[3](2021)在《重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的毒性评价及重楼皂苷Ⅰ的肝毒性机制探究》文中进行了进一步梳理研究目的:药源性肝损伤是一项严重的公共卫生问题,据调查统计,我国药源性肝损伤的发病率逐年升高;重楼是一种临床常用中药,因其抗肿瘤活性日益受到重视。重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ是重楼中3种重要的皂苷类成分,越来越多的研究和报道显示其对多种肿瘤细胞均具有杀伤作用。但重楼在抗肿瘤作用的同时毒副作用研究较少,尤其是其单体类成分。本研究围绕重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的潜在毒性及其作用机制进行深入的探索。以期为中药重楼的临床合理应用以及基于重楼皂苷单体的药物研发提供借鉴和参考。研究方法:(1)从细胞、模式生物-斑马鱼、动物3个层面进行了重楼皂苷单体的毒性评价。首先选择了 9种细胞考察了重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的细胞毒性情况,包括3种肝细胞(HepaRG、HL-7702和WRL-68细胞),3种肾细胞(HK-2、HKC和293T细胞)和3种心脏细胞(H9c2、HUVEC和HCMEC细胞);利用模式生物-斑马鱼模型考察不同浓度重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ对斑马鱼生存率的影响,确定了 LC50、LC10与最大非致死浓度(MNLC);体视荧光显微镜观察重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ给药前后肝脏、肾脏和心脏的形态,统计斑马鱼的肾脏水肿率、心率和心包水肿率。利用Image-Pro Plus 5.1.0软件统计给予重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ前后斑马鱼肝脏面积和荧光强度、肾脏面积和荧光强度、心脏SV-BA距离,评价重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的潜在肝、肾、心毒性;通过HE染色和TUNEL染色观察斑马鱼给药前后肝组织病理情况及肝细胞凋亡情况;通过小鼠的急性毒性实验,得出LC50值。然后进行小鼠血清生化检测和组织病理切片分析。各个层面数据相互支持,补充验证,使研究基础更加全面可靠,结论更加合理。(2)选用HepaRG细胞研究重楼皂苷Ⅰ的肝细胞毒性机制。利用酶标仪、流式细胞仪、倒置荧光显微镜等对HepaRG细胞乳酸脱氢酶(LDH)释放、DAPI染色、活性氧(ROS)、线粒体膜电位(MMP)、细胞凋亡及细胞周期等进行测定,利用Western blot对凋亡相关蛋白进行检测;选用HUVEC细胞研究重楼皂苷Ⅰ的心血管毒性机制。从抑制新血管生成和促进心血管细胞凋亡两个方面评价了重楼皂苷Ⅰ的血管毒性机制。进行了LDH释放、细胞迁移、细胞凋亡、DAPI染色、细胞周期以及体外血管生成等研究,测定了近30个相关蛋白的表达。(3)利用TMT标记定量蛋白质组学技术检测给药组和对照组小鼠肝脏组织中的差异蛋白,对差异蛋白进行GO及Pathway通路富集分析;利用STRING11.0构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;采用IPA软件进一步筛选出与表型相关的潜在生物标志物;利用Q300靶向代谢组学技术研究给药组和对照组小鼠血清样本中内源性代谢物的变化情况。采用PCA、OPLS-DA等分析小鼠内源性代谢物的轮廓变化。比较给药前后小鼠血清样本代谢谱的差异,寻找与重楼皂苷Ⅰ致肝毒性相关的代谢差异物及代谢调控网络。使用Cytoscape对蛋白组学和代谢组学做关联分析。采用PCR和Western blot技术对肝毒性机制中的关键蛋白进行进一步的验证。研究结果:(1)重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ毒性实验结果:重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ均具有明显的细胞毒性,能显着的促进H9c2细胞外其余8种细胞的凋亡,且呈现浓度和时间依赖性。对于H9c2细胞,3种皂苷均呈现出低剂量促进增殖,高剂量抑制增殖的作用;斑马鱼实验结果:重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ对斑马鱼的LC50分别为121、213、570 ng/mL,LC10分别为109、178、456ng/mL,MNLC分别为99、146、357ng/mL;毒性器官评价方面,重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ对斑马鱼具有显着的肝脏毒性,能明显降低斑马鱼肝脏面积和荧光强度;重楼皂苷Ⅰ能显着影响斑马鱼的心率,提示其具有心血管毒性;重楼皂苷Ⅰ和Ⅶ能降低斑马鱼肾脏面积和荧光强度,具有一定的肾毒性,但3种皂苷均未造成肾水肿;斑马鱼病理切片显示重楼皂苷Ⅰ给药组的肝组织出现空泡和严重的肝细胞坏死;TUNEL染色结果显示重楼皂苷Ⅰ给药组出现了肝细胞凋亡;动物实验结果:小鼠体内实验发现,重楼皂苷Ⅰ具有体内毒性,其LC50为24.5 mg/kg;给药组血清中ALT、AST显着升高,SOD降低;给药组病理切片显示出显着的肝细胞损伤和脂肪样变性以及一定的心脏毒性。(2)重楼皂苷Ⅰ肝细胞毒性机制:重楼皂苷Ⅰ显着升高了 HepaRG细胞中ROS水平,引起MMP下降,Cyt c从线粒体向胞浆中释放,早期及晚期凋亡细胞增多,LDH的释放量升高。改变了周期蛋白P21、cyclinA、cyclinE和CDK2的表达,诱导细胞周期阻滞。并且明显激活了凋亡通路蛋白Fas、P53、caspase-3、caspase-8、caspase-9的表达,且呈现剂量依赖关系;重楼皂苷Ⅰ血管毒性机制:重楼皂苷Ⅰ显着促进了心血管细胞LDH的释放,抑制细胞迁移和血管生成,改变周期分布,诱导细胞凋亡。给药后的细胞中VEGFR2、p-VEGFR2、Src、p-Src、PI3K、Src、P38、PLCy 等近 30 种蛋白的表达均发生了改变。(3)蛋白组学结果:共筛选出302个差异蛋白,其中上调蛋白182个,下调蛋白120个。差异蛋白具有氧化还原酶活性、催化活性等分子功能,参与了脂肪酸代谢、有机酸的代谢、药物代谢、氧化还原过程等生物过程。主要分布在细胞质和细胞内膜结合细胞器包括线粒体、内质网等;Pathway结果显示,差异蛋白在细胞色素P450酶对药物的代谢、细胞色素P450对外源物质的代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPARγ)等途径上富集程度较高;PPI网络分析发现差异蛋白主要聚集在三个功能区域,包括细胞色素P450酶、脂质代谢过程、氧化还原过程;IPA商业数据库筛选出9个与肝毒性相关的差异蛋白作为潜在生物标志物;代谢组学结果:给药组代谢物轮廓明显偏离对照组;通过多维和单维的差异代谢物的交集,筛选并初步鉴定出97种差异代谢物,25条代谢通路。结果归纳显示重楼皂苷Ⅰ造成了体内5个方面的代谢异常,包括氨基酸代谢、脂肪酸代谢、谷胱甘肽代谢、能量代谢、蛋白质合成;其中D-谷氨酰胺与D-谷氨酸代谢,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,花生四烯酸代谢,氨酰tRNA生物合成等代谢通路影响值相对较高;代表性差异代谢物为花生四烯酸、焦谷氨酸、乙醇酸、酰基肉碱等。对全文中研究的重楼皂苷Ⅰ的肝毒性情况进行了综合分析,总结并推测了重楼皂苷Ⅰ造成肝毒性的机制。采用qPCR及Western blot验证了关键蛋白Bax、CYP1A2、P53、Fas的表达,对推测的肝损伤机制进行了初步验证。研究结论:(1)细胞实验研究发现重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ均具有肝脏、肾脏、心血管细胞毒性;斑马鱼实验研究确定了 3种皂苷中毒性最强的为重楼皂苷Ⅰ,毒性最明确的毒性靶部位是肝脏和心血管;斑马鱼肝脏病理切片、TUNEL染色,小鼠生化指标、病理切片检测进一步验证了重楼皂苷Ⅰ的肝脏和心脏毒性;(2)重楼皂苷Ⅰ肝细胞毒性机制为ROS应激通路和死亡受体通路介导的细胞凋亡;心血管毒性主要作用通路为VEGFR2激活的下游PI3K/AKT/mTOR、Src/eNOS、PLCy/ERK/MEK、P38信号通路,JAK2/STAT3信号传导通路和Bcl-2家族介导的凋亡通路,从诱导心血管细胞凋亡和抑制新生血管两方面产生心血管毒性。(3)蛋白质组学和代谢组学实验结果结合全文数据推测重楼皂苷Ⅰ诱导的肝毒性机制可能为CYP450酶和脂质代谢介导的线粒体功能障碍为主体的肝细胞损伤。药物影响了:①多种CYP450酶。主要包括Ⅰ相代谢酶CYP1A1、CYP1A2和Ⅱ相代谢酶GSTA3和UGT1A1表达紊乱,呈现下调趋势。药物在体内的水解、代谢过程被减慢,随着作用时间的延长,药物毒性反应增加。未被代谢的药物作用可能作用于线粒体,造成线粒体功能障碍;也很有可能是Ⅱ相药物代谢酶下调,产生的毒性代谢中间产物作用于线粒体,进一步产生了肝脏毒性;②脂质代谢。线粒体损伤后β-氧化的功能受到影响,体内的游离脂肪酸不能被氧化而转化成甘油三脂,导致了体内脂质的蓄积。同时ATP合成减少,供能障碍。脂质蓄积还能产生脂毒性进一步影响线粒体功能,产生过量ROS;③线粒体氧化应激。过量的ROS生成诱导线粒体氧化应激,释放Cyt c,升高Bax,降低Bcl-2,进而激活caspase家族导致肝细胞凋亡。Western blot验证结果显示药物代谢酶CYP1A2显着下调以及凋亡关键蛋白Bax表达上调。qPCR结果显示凋亡相关基因P53、Bax以及Fas的表达均显着上调,验证实验佐证了机制推论的合理性。
窦豆[4](2021)在《基于“下气祛湿,解痹消痈”的仲景薏苡仁运用理论研究》文中认为研究目的:上篇:以《金匮要略》仲景薏苡四方(即麻黄杏仁薏苡甘草汤、薏苡附子散、薏苡附子败酱散和《千金》苇茎汤)为出发点,考证澄清四方条文的原文原貌和仲景原意,梳理后世注家流变和传承脉络,从古今相关医案报道中总结薏苡四方的临床应用情况。下篇:以上篇为基础,分析薏苡四方所体现的治则治法、配伍选药及剂量制法等规律,结合仲景对湿邪及痈、痹的“病脉证治”认识,总结提炼仲景之薏苡仁运用经验,并分析其对后世的影响。附篇:对薏苡仁“下气祛湿,解痹消痈”之功效进行初步的现代诠释。研究方法:上篇:对薏苡四方进行原意考证及后世流变研究,具体方法包括:1.版本校勘:将邓珍本、吴迁本等进行对照,对于差异较大者,考证其正误,以期最大限度接近原貌。2.字义考证:借助上古汉语文献对仲景薏苡四方条文进行逐字训义,从训诂学角度考证回归仲景原意。3.疑难问题辨析:分析后世注家对仲景原文诠释的流变,以求溯流澄源,结合字义考证结果,对条文和方药相关问题进行析疑。4.医案整理分析:借助中华医典和中国知网等数字工具,系统收集薏苡四方相关古今医案,进行定量数据分析整理,体现循证医学思想。下篇:从继承、发展和后世应用论述仲景运用薏苡仁的方法和规律,具体方法包括:1.文献研究:通过查阅文献,搜集、整理仲景之前先民对薏苡的认识;整理后世本草及医案医话等着作中对仲景运用薏苡经验的传承发展。2.理论探讨:结合《黄帝内经》中对于湿邪、痹、痈的有关论述,分析仲景对水、湿、痰、饮、雾等邪气致病的认识以及痹、痈之“病脉证治”,总结提炼仲景对薏苡仁功效的发展及其运用薏苡仁之经验。附篇:主要研究方法为蛋白组学检测及生物信息学分析。研究成果:上篇主要研究成果包括:1.麻杏苡甘汤剂量应以吴迁本为是,并非“轻剂”;本方证以湿邪致病为主,存在久聚寒凉的因素,而非“痹久化热”;全方散寒除湿,薏苡在方中起到祛湿除痹的关键作用,这蕴含着为仲景所独有、而后世却未能充分挖掘继承的治湿法,即“动以治静,下气祛湿”。2.薏苡附子散之“胸痹缓急”应理解为“(胸痹疼痛症状的)舒缓安适和紧切拘急”,即基于“缓”、“急(褊)”的本义“宽绰、窄紧”而直译。本病以湿邪痹阻心胸为核心,薏苡在其中具有下气祛湿除痹之功。本方为平素服用所设,而非急救之剂。3.薏苡附子败酱散所论之痈脓,属病久本湿标热之证,全方功效为清热除湿消痈,方中薏苡起到化湿消痈之用,附子为扶真阳以祛湿而非祛寒。方后“小便当下”并非误写,而是本方确能通利小便而消痈。薏苡附子败酱散在后世的解读中,逐渐被认为与大黄牡丹汤一祛寒湿、一治湿热,这在一定程度上限制了本方的应用。4.《千金》苇茎汤确属仲景原方,而非首创于《千金》;条文中之“烦满”指热郁而成的胸胁胀满,非情志症状;“胸中甲错”所述可能为心胸脏腑纹理之变化;“瓜”字在仲景时期专指果瓜中的甜瓜,故仲景之“瓜瓣”应为甜瓜子而非冬瓜子。注家对本方治疗湿热还是津亏存在争议,实际上湿热内壅即可形成津液疏布障碍,因而正适合使用既能利湿、又不温燥伤津的薏苡仁进行治疗。本方之变方、类方亦说明薏苡仁在方中发挥着祛湿、消痈、排脓的重要作用。5.由医案整理可知,仲景薏苡四方在后世得到了较好的传承和运用,适应症不断扩大,同时在传承中也出现了诸多发展变化,如以麻杏苡甘汤配伍大量清热利湿之品治疗湿热证、以薏苡附子败酱散加大附子用量治疗寒湿阳虚证等。下篇主要研究成果包括:1.截至仲景之前,人们对薏苡功效的认识已经包括:治疗筋急拘挛,不可屈伸,风湿痹;下气;久服轻身益气/轻身省欲;胜瘴气;令人宜子。2.仲景对于湿邪为患的认识具有内在统一性:湿邪重浊、滞着不行,静而不动,寒湿闭阻而成痹、湿热壅滞则为痈。薏苡四方所治疗的风湿痹、胸痹、肠痈、肺痈之根本病机均不离湿邪为害。3.仲景将《神农本草经》中记载的薏苡仁“下气”功效用于祛湿,将薏苡仁功效发挥为“下气祛湿,解痹消痈”,是其独有的发展和贡献,与后世之燥湿法有较大区别。仲景薏苡运用经验主要可概括为:通过“下气祛湿、动以治静”,治疗湿邪闭阻壅滞之痹与痈脓,在配伍上突显了薏苡“凉体而温用”的特点,在治法上达到了“治实以补虚”的目的。4.仲景的薏苡仁运用经验在后世得到传承。一方面是本草着作中的体现:薏苡四方主治之肺痈、风湿、胸痹等疾病在后世本草着作中作为薏苡主治范围得到了传承保留。另一方面是在临床运用中的体现:既有经方派的继承发扬,如运用薏苡诸方治疗痈、痹等证;亦有温病学派的拓展运用,如创立三仁汤等,从理论和临床上丰富了对薏苡的功效认识及运用经验。附篇主要研究成果包括:1.薏苡仁用药组与对照组相比,血清蛋白组学检测显示共有66种蛋白表达显着升高或降低。2.部分差异蛋白可能通过控制炎症反应和M2型巨噬细胞极化,在类风湿关节炎、冠心病、溃疡性结肠炎以及脓毒症、肝脓疡、急性阑尾炎等感染性疾病中发挥作用,即体现薏苡仁“解痹消痈”的功能。3.部分差异蛋白可发挥调节血脂、改善阿尔茨海默病等作用,同时,本研究发现薏苡仁能够下调10种促癌基因和上调1种抑癌基因的表达。这三类疾病均与中医之水湿痰浊关系密切,对这些蛋白的调节可能为薏苡仁“下气祛湿”化浊功效之体现。结论:1.本研究基于薏苡四方的原文原意澄清及流变梳理,得出了部分与现有认识不完全相同的理解。这些理解来源于较为可靠的考据方法和翔实的文献证据,因此能够在一定程度上回归仲景之原意。2.仲景基于薏苡仁“下气祛湿,解痹消痈”之功,通过下气祛湿、动以治静、凉体温用、治实补虚等方法,运用薏苡仁治疗痹、痈等,属湿邪为患、闭阻壅滞之病证。这些仲景运用薏苡仁经验的提炼总结,使得《金匮要略》中部分隐性知识得以显性化,有利于其更好地为临床所用。3.蛋白组学研究初步对薏苡仁“下气祛湿,解痹消痈”之功进行了现代诠释,但本研究样本量小,仅为初步探索,后续还需更多研究进行验证。本研究的创新性体现在三个方面:1.纵横结合:上篇为纵向研究,即按照从上古汉语文献、历代注家到现代医案的脉络,从源至流,澄清仲景原意。下篇为横向研究,即探讨薏苡四方及其主治疾病之共性,挖掘其内在联系。纵向研究为横向研究之基础,而后者是前者的深入和延申。2.理论贯通:在《黄帝内经》关于湿邪、痹和痈的病理生理之经典理论指导下,探讨仲景对于痹和痈的“病脉证治”诊疗思路,使二者之理论相互贯通,深度阐发薏苡四方主治疾病规律和仲景运用薏苡仁经验。3.古今融合:对于薏苡仁影响蛋白组学变化的分析,以结合中医理论为主,阐发其与“下气祛湿,解痹消痈”的关系,将中医理论与现代诠释有机融合,以期指导进一步的探索。
王奕智[5](2021)在《USP4对胰腺癌恶性生物学行为的影响及其作用机制研究》文中研究说明研究背景胰腺癌起病隐匿,早期准确诊断方式匮乏,患者预后极差,发病率与死亡率相当,5年总体生存率仅约10%,因而被称为“癌中之王”。数十年来,尽管胰腺癌的发病率不断降低,但胰腺癌患者的死亡率仍居高不下,往往确诊时已是局部进展或出现远处转移。目前,根治性手术仍是治疗胰腺癌的主要手段,但适用根治性手术的患者却十分有限。以手术治疗为主,多学科治疗手段为辅的综合治疗方式是目前胰腺癌治疗的主流选择。泛素特异性蛋白酶4(Ubiquitin-specific protease4,USP4)作为一种底物广泛的去泛素化酶,既往已被报道能够参与诸多肿瘤的进展,而目前尚缺乏关于USP4在胰腺癌中作用的相关文献研究报道。本研究旨在利用临床病理组织样本及基础实验明确USP4在胰腺癌进展中所扮演的角色,探究USP4在胰腺癌患者中的预后价值,为胰腺癌的精准靶向治疗提供潜在治疗靶点,进而指导胰腺癌的个体化精准治疗。研究目的探究USP4在胰腺癌组织中的表达情况及预后价值;揭示USP4在胰腺癌细胞体外增殖、体内成瘤、迁移侵袭及化疗耐药等细胞表型中的调控作用;初探USP4调控胰腺癌恶性生物学行为的下游通路及具体作用机制。研究方法1.利用免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)染色对人胰腺癌组织及正常胰腺组织中USP4的表达情况进行检测,并探讨USP4表达与胰腺癌患者临床病理学指标的相关性及其预后意义。2.利用小干扰 RNA(small interfering RNA,siRNA)在 MIA PaCa-2 和 AsPC-1 胰腺癌细胞株中瞬时敲减USP4,使用慢病毒转染筛选并建立稳定USP4敲减及过表达双向调节MIA PaCa-2和AsPC-1稳转细胞株。3.利用CCK-8细胞增殖实验、平板克隆形成实验及裸鼠皮下移植瘤模型检测USP4表达对胰腺癌细胞体外增殖及体内成瘤能力的影响;细胞划痕愈合实验、transwell小室迁移侵袭实验用来探究USP4表达对胰腺癌细胞体外迁移侵袭能力的影响;细胞毒性实验用来检测USP4表达水平变化后,胰腺癌细胞对吉西他滨化疗敏感性的改变情况;利用western blot实验分析检测USP4表达改变对细胞周期相关蛋白表达的影响。4.利用基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)、蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)数据库STRING以及交互数据集的生物通用存储库(Biological General Repository for Interactive Datasets,BioGRID)、串联质谱标签(Tandem Mass Tag,TMT)标记定量的蛋白质组学分析预测胰腺癌细胞中受USP4可能调控的生物学过程、潜在相互作用蛋白以及可能的下游信号通路;利用western blot实验分析检测肿瘤坏死因子(tumornecrosisfactor,TNF)受体相关蛋白6(TNF receptor associated factor 6,TRAF6)及其下游NF-κB信号通路中关键蛋白的表达情况;利用IHC染色分析肿瘤组织中USP4与NF-κB信号通路中关键蛋白p65表达的相关性。5.利用环己亚胺蛋白质稳定性实验初探USP4对TRAF6的具体调控机制,进而使用在USP4稳转细胞株中瞬时敲减TRAF6的单向解救实验证明NF-κB信号通路在USP4诱导胰腺癌细胞恶性生物学行为的调控中所起的中介作用。6.本研究中所使用的统计学方法包括Mann-Whitney UU检验、χ2检验、Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析、Pearson相关性分析、Spearman相关性分析、Student’s t检验以及单因素方差分析(One-way ANOVA)。P值小于0.05被认为具有显着性差异。研究结果1.USP4在胰腺癌组织中的表达及其预后价值USP4在胰腺癌组织中的表达水平较正常胰腺组织显着升高(P<0.05)。USP4在胰腺癌组织中高表达与肿瘤组织分化较差显着相关(P<0.05)。单因素分析发现USP4表达水平与患者预后显着相关(P<0.05),USP4高表达患者的疾病特异生存时间(Disease-specificsurvival,DSS)较 USP4 低表达患者明显缩短(P<0.05)。而在多因素分析中,USP4高表达是胰腺癌患者预后不良的独立危险因素(P=0.048,HR=1.389)。2.USP4对胰腺癌细胞恶性生物学行为的调控相比正常胰腺导管上皮细胞株,USP4在多数胰腺癌细胞株中表达升高。瞬时敲减USP4表达可以抑制MIAPaCa-2和AsPC-1细胞株的体外增殖及迁移侵袭能力(P<0.05),并且USP4表达改变还能相应影响细胞周期相关蛋白的表达水平;过表达USP4能够增强MIA PaCa-2和AsPC-1细胞株的体外增殖和迁移侵袭能力(P<0.05)。在MIA PaCa-2的USP4双向调节稳转细胞株中,USP4表达改变还能够影响胰腺癌细胞株的体内成瘤能力(P<0.05),但USP4表达改变却并不影响胰腺癌细胞对吉西他滨的化疗敏感性(P>0.05)。3.USP4对胰腺癌恶性生物学行为调控的作用机制利用GSEA生物信息学分析发现USP4的差异表达可导致胰腺癌中基因富集情况的显着改变(NOM p-value=0.000,FDR q-value=0.015),而且,USP4 的差异表达也与肿瘤相关基因差异富集及对应肿瘤进展信号通路显着相关(NOMp-value=0.000,FDR q-value=0.026)。之后,本研究对MIA PaCa-2 USP4敲减稳转细胞株及其对照组细胞株进行了 TMT定量标记的蛋白质组学分析。通过对具有显着表达差异的蛋白分子进行GO富集分析提示USP4可能参与影响胰腺癌细胞中cyclin-CDK复合物及减数分裂细胞周期G1/S期过渡的转录调控的形成。而KEGG富集分析结果表明USP4表达可以显着影响细胞周期及肿瘤进展相关信号通路中相关蛋白的表达。Western blot实验验证结果则证明USP4的表达改变可以影响NF-κB信号通路关键蛋白的表达,IHC染色结果则表明在本研究纳入的胰腺癌组织样本中,USP4的表达水平与NF-κB信号通路中的关键蛋白p65的表达水平呈显着正相关(r=0.3718,P<0.0001)。利用Pearson相关性分析和Spearman相关性分析联合PPI数据库STRING和BioGRID,并结合既往文献报道的USP4可能产生相互作用的蛋白时发现,USP4与NF-κB信号通路上游重要调控分子TRAF6的表达具有显着相关性(P<0.05)。之后的western blot实验验证结果提示在MIAPaCa-2和AsPC-1细胞株中瞬时敲减USP4的表达,TRAF6表达水平、p65表达水平以及第536位点丝氨酸磷酸化的p65表达水平均明显降低,而TAK1、TRAF2、p53、β-catenin和TGF-βRI的表达水平并无显着变化。qRT-PCR实验结果提示敲减USP4表达并不能在mRNA水平调控TRAF6的表达。上述结果说明USP4在胰腺癌中可能不参与调控p53信号通路、Wnt/β-catenin信号通路及TGF-β信号通路,且USP4并不影响NF-κB信号通路上游TRAF2和TAK1的表达,而可能仅通过调控TRAF6的蛋白表达,从而激活NF-κB信号通路。进一步的CHX蛋白质稳定性实验发现USP4能够稳定TRAF6的蛋白表达(P<0.05)。在USP4过表达的稳转细胞株中进行瞬时敲减TRAF6的单向解救实验表明,敲减TRAF6后能显着逆转USP4过表达诱导的胰腺癌细胞增殖和迁移侵袭能力的增强,并逆转NF-κB信号通路的激活(P<0.05)。结论1.与正常胰腺组织相比,USP4在胰腺癌组织中的表达显着升高;USP4高表达与胰腺癌患者预后不良密切相关,是判断胰腺癌患者预后不良的独立危险因素。2.USP4可以促进胰腺癌细胞体内外的增殖成瘤,增强胰腺癌细胞的体外迁移侵袭能力。3.USP4可以通过稳定TRAF6的蛋白表达,抑制蛋白降解,激活NF-κB信号通路,从而诱导胰腺癌的恶性生物学行为。
薛晶[6](2021)在《基于TMT蛋白质组学的差异蛋白PP1γ在胶质瘤中的作用及机制研究》文中认为目的:通过探索胶质瘤差异表达蛋白,了解差异表达蛋白的生物学功能及相互作用网络,筛选调控重要信号通路的关键因子,研究关键差异蛋白在胶质瘤中的作用及其分子机制,为改善胶质瘤预后提供新的治疗靶点奠定理论基础。方法:1)选择5对胶质母细胞瘤(Glioblastoma,GBM)及手术路径非肿瘤脑组织,应用串联质谱标签(Tandem mass tags,TMT)蛋白质组学技术筛选差异表达的蛋白质,通过GO分析、IPA(Ingenuity Pathway Analysis)生物分析平台、KEGG、PPI及GEPIA分析等生物信息学方法,探索差异表达蛋白的主要功能、蛋白互作网络、上游调控因子、参与的信号通路及预后意义,筛选出调控重要信号通路的关键因子;2)选择低级别胶质瘤(Low grade glioma,LGG)和GBM石蜡包埋组织样本制作组织芯片,利用免疫组织化学技术在组织芯片中检测差异蛋白PP1γ的表达及其与临床病理特征及预后之间的关系;在LGG中通过Sanger测序技术检测异柠檬酸脱氢酶1(Isocitrate dehydrogenase 1,IDH1)突变,并通过荧光原位杂交技术(Fluorescence in situ hybridization,FISH)检测1p19q共缺失,分析不同分子分型中PP1γ表达水平的差异;3)构建PP1γ稳定低表达细胞株,研究PP1γ沉默对GBM细胞增殖、细胞凋亡、细胞周期及侵袭和迁移能力的影响;观察PP1γ沉默对Yes相关蛋白1(Yes-associated protein1,YAP1)磷酸化水平、YAP1在胞核/胞浆中的定位和表达量及对干细胞多潜能标记物Sox2,Oct4和Nanog表达水平的影响;分析PP1γ沉默对干细胞标志物CD133阳性率、细胞悬浮球形成能力及替莫唑胺(Temozolomide,TMZ)药物敏感性的影响。结果:1)根据TMT蛋白质组学共鉴定出2458个差异表达蛋白质,包括1398个上调的差异表达蛋白和1060个下调的差异表达蛋白,结合生物信息学分析及文献报道,Hippo/YAP1信号通路是差异表达蛋白显着富集的重要信号通路,PP1γ是上调的差异表达蛋白并处于Hippo/YAP1信号通路的关键位点;2)PP1γ在胶质瘤组织中高表达,PP1γ表达与WHO分级、Ki-67、YAP1和Sox2的表达呈正相关,在LGG中PP1γ在IDH1突变型中低表达,PP1γ高表达是胶质瘤预后差的独立影响因素;3)PP1γ沉默抑制了胶质瘤细胞增殖、促进了细胞凋亡、使细胞阻滞于G0/G1期并抑制了细胞侵袭和迁移的能力;PP1γ沉默使YAP1磷酸化水平升高,增加了YAP1在胞浆中的表达,降低了YAP1在胞核中的表达,并抑制了干细胞多潜能标记物Sox2,Oct4和Nanog的表达;PP1γ沉默降低了干细胞标记物CD133阳性细胞比例,抑制了细胞悬浮球形成能力,增强了胶质瘤细胞对TMZ药物处理的敏感性。结论:PP1γ是GBM中上调的关键差异表达蛋白,PP1γ高表达与胶质瘤恶性程度高及预后不良相关,PP1γ主要通过YAP1/Sox2途径调控胶质瘤细胞增殖、侵袭、GSCs干性特征维持及TMZ药物敏感性。PP1γ可能成为新的胶质瘤靶向治疗的重要因子。
高海霞[7](2021)在《弥漫大B细胞淋巴瘤信号通路相关microRNA和蛋白质的筛选及功能研究》文中提出目的:弥漫大B细胞淋巴瘤(Diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)是成人最常见的B细胞淋巴瘤,经R-CHOP标准化疗后仍有30-40%的患者治疗欠佳短期内复发耐药甚至死亡,因此寻找新的药物靶点是提高DLBCL患者生存的迫切需要。本研究拟在微小RNA(microRNA,miRNA)、mRNA、蛋白质水平筛选和验证与DLBCL发生发展相关的可能关键因子及信号通路,并对重要信号通路相关的关键因子在细胞水平进一步进行功能研究,初步阐明人类种属(Homo sapiens,hsa)-miR-193a-3p靶向TCL1调控PI3K/AKT信号通路影响DLBCL细胞增殖、凋亡和周期的作用机制,为深入理解DLBCL的发生发展和提供新的治疗靶点奠定理论基础。方法:1)本研究选择新鲜冰冻人DLBCL组织为实验组、人淋巴结反应性增生(lymph node reactive hyperplasia,LRH)为对照组,应用miRNA表达谱芯片筛选差异mi RNA;对差异miRNA进行生物信息学分析,阐明差异mi RNA的靶基因及其生物学功能和富集的信号通路;对重要信号通路相关差异miRNA应用q RT-PCR验证其表达;2)本研究同样选择新鲜冰冻人DLBCL组织为实验组、人LRH为对照组,应用蛋白质组学筛选差异蛋白质;对差异蛋白质进行生物信息学分析,阐明其生物学功能和富集的信号通路;对重要信号通路相关差异蛋白质应用平行反应监测(Parallel reaction monitoring,PRM)和免疫组化验证其蛋白表达,并分析其蛋白表达与DLBCL患者临床病理特征和预后的相关性;将mi RNA芯片和蛋白质组学研究结果进行交叉分析,确定在细胞水平进行hsa-miR-193a-3p靶向TCL1调控PI3K/AKT信号通路影响DLBCL细胞增殖、凋亡和周期的机制研究;3)应用双荧光素酶报告基因检测hsa-mi R-193a-3p与TCL1的互作关系;选择人DLBCL细胞为实验组、正常人外周血B淋巴细胞为对照组,应用qRT-PCR检测hsa-mi R-193a-3p和TCL1的基因表达,并筛选后续实验DLBCL细胞株;将hsa-miR-193a-3p类似物(mimic)和抑制剂(inhibitor)、si RNA-TCL1、siRNA-TCL1+hsa-miR-193a-3p inhibitor分别转染DLBCL细胞,设立相应的阴性和空白对照,应用CCK8和流式观察DLBCL细胞增殖、凋亡和周期;并应用q RT-PCR和Western-blot检测DLBCL细胞中TCL1、PI3K/AKT信号通路重要调控因子AKT和磷酸化的AKT,细胞凋亡因子BCL-2和BAX的基因和蛋白表达。结果:1)本研究筛选出204个差异miRNA,54个上调,150个下调;差异miRNA预测到7522个靶基因;差异miRNA的靶基因主要富集在Pathway in cancers、MAPK、Focal adhesion、PI3K/AKT等信号通路;qRT-PCR验证PI3K/AKT信号通路相关差异miRNA发现在DLBCL中hsa-miR-193a-3p、hsa-miR-19b-3p、hsa-miR-370-3p、hsa-miR-490-5p的表达降低,hsa-miR-630的表达升高;2)本研究筛选出335个差异蛋白质,131个上调,204个下调;差异蛋白质主要富集在Pathway in cancers、PI3K/AKT、Alcoholism、Necroptosis等信号通路;PRM和免疫组化验证PI3K/AKT信号通路相关差异蛋白质发现在DLBCL中TCL1、HSP90、AKT、IKKβ的蛋白表达水平升高;生存分析发现TCL1蛋白高阳性表达是DLBCL患者短的总生存期和无进展生存期的独立影响因素;3)细胞水平证实TCL1是hsa-miR-193a-3p的靶基因;在DLBCL细胞中hsa-mi R-193a-3p的表达降低,而TCL1 mRNA的表达升高;hsa-miR-193a-3p在DLBCL中是一个肿瘤抑制因子,hsa-miR-193a-3p mimic使DLBCL中hsa-miR-193a-3p表达升高,其高表达使DLBCL细胞增殖降低,凋亡增加,细胞周期被阻滞在S期,DNA合成受阻,细胞在S期与后续G2/M、G0/G1期之间的转换被调控;hsa-miR-193a-3p inhibitor使DLBCL中hsa-miR-193a-3p表达降低,其低表达使DLBCL细胞增殖升高,凋亡降低,并可逆转mimic对细胞周期的调控作用;TCL1在DLBCL中是一个癌基因,TCL1-siRNA在DLBCL中可沉默TCL1的表达,沉默TCL1表达可抑制DLBCL细胞增殖、促进凋亡、细胞周期被阻滞在S期、并可抑制PI3K/AKT信号通路激活,但加入hsa-miR-193a-3p inhibitor能逆转siRNA-TCL1对PI3K/AKT信号通路的抑制效应。结论:应用miRNA表达谱芯片筛选出204个差异miRNA,54个上调,150个下调;应用蛋白质组学筛选出335个差异蛋白质,131个上调,204个下调;对已筛选重要信号通路即PI3K/AKT信号通路相关因子验证发现在DLBCL中hsa-miR-193a-3p的表达降低,TCL1的蛋白表达升高并且生存分析发现TCL1蛋白高阳性表达是DLBCL患者短的总生存期和无进展生存期的独立影响因素;hsa-miR-193a-3p通过靶基因TCL1实现对DLBCL细胞增殖、凋亡、周期等生物学行为的调控,hsa-miR-193a-3p inhibitor能逆转siRNA-TCL1对PI3K/AKT信号通路的抑制效应,进而影响DLBCL发生和进展。
刘婕婷[8](2021)在《胶质母细胞瘤诊断预后标记物筛选及其验证的实验研究》文中研究指明目的胶质瘤是中枢神经系统最常见的肿瘤,而WHO IV级的胶质母细胞瘤(glioblastoma multiforme,GBM)又是胶质瘤中最高发的类型。70%-80%的胶质母细胞瘤患者病程介于3-6个月,其5年生存率不到10%。尽管近年来显微外科手术+局部精准放疗+术后靶基因治疗的综合治疗模式已在很大程度上改善了患者的预后,但由于肿瘤高度的增殖能力、浸润性生长、化疗药物“替莫唑胺”的早期耐受、微血管增生以及相关致病基因突变等多种因素的影响,患者的预后仍然较差。研究发现,肿瘤组织基因型的差异,会对患者的预后产生不同的影响。2016年WHO已将IDH突变、1p/19q缺失、MGMT启动子甲基化等肿瘤的分子病理学特征更精确地用于胶质瘤的分级分类中,因此,胶质瘤基因标记物的研究为细化其分子诊断并改善患者预后提供了新的药物靶点选择。基于此,本研究通过文献计量学方法可视化胶质母细胞瘤基因标记物研究的现状及热点,通过生物信息学方法筛选东、西方人均适用的胶质母细胞瘤诊断及预后标记物,最后通过分子生物学方法验证筛选标记物的表达情况,探索影响胶质瘤细胞生存的生物学机制以及与患者预后的相关性,以期为临床诊疗提供理论依据。方法(1)文献计量学分析:检索主要数据库,获取胶质母细胞瘤基因标记物研究文献,根据纳入排除标准筛选文献,利用书目共现系统分析软件(Bibliographic Item Co-Occurrence Mining System,BICOMS)对纳入研究的关键词、作者、国家和地区、研究机构、发表时间和期刊等信息进行提取和整理,对作者、研究机构、国家和地区及关键词生成合作网络图和聚类网络图,整理差异表达基因的HR值及95%CI。(2)生物信息学分析:从TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库得到GBM患者样本的表型信息、基因表达、生存数据,从GTEx(The Genotype-Tissue Expression)数据库筛选正常样本的表型信息和基因表达数据,并进行标准化。从CGGA(Chinese glioma genome atlas)数据库下载693和325数据集中患者信息。利用差异表达分析、单变量Cox比例风险回归和LASSO(least absolute shrinkage and selection operator)方法筛选GBM患者预后相关基因,计算预后指数(prognosis index,PI),创建K-M(Kaplan-Meier)生存曲线和ROC(the time-dependent receiver operating characteristic)曲线分析PI模型的预测效果。通过多变量Cox比例风险回归比较预后指数与其他临床因素的预后价值。利用GO(Gene ontology)基因功能分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析预后基因的生物学功能。通过单变量、多变量Cox比例风险回归、K-M曲线和ROC曲线分析,将在TCGA中筛选的预后相关基因在CGGA_325和CGGA_693数据集中验证。(3)实验室检测:q RT-PCR(实时荧光定量PCR)、Western Blot、免疫组织化学检测各级别胶质瘤患者肿瘤组织和正常脑组织中筛选的预后相关基因表达量;沉默A172胶质瘤细胞株的FN1、HSPA5基因;MTT、流式细胞术和Transwell小室迁移实验分别检测沉默FN1、HSPA5基因对A172胶质瘤细胞株增殖、凋亡和迁移的影响;q RT-PCR与Western blot检测沉默FN1、HSPA5基因对A172胶质瘤细胞株Bax、Bcl-2、MMP9和Ecadherin表达的影响。随访胶质母细胞瘤患者的PFS(Progression-Free Survival)和OS(Overall Survival),通过单变量、多变量Cox比例风险回归、K-M曲线分析基因表达差异对患者预后的影响,并分析基因差异表达与患者临床病理参数的相关性。结果(1)胶质母细胞瘤基因标记物研究现状和热点:最终纳入1771篇文献,中文123篇,中文研究数量不到外文的1/10。26个省市的116个机构参与了中文文献研究,18个国家的611个机构参与了外文文献研究,省份、国家和机构之间合作有待进一步加强。中文文献239个关键词聚类分析得到5个类别,外文文献2963个关键词聚类分析得到4个类别。中文文献关注的基因标记物中,基于细胞和组织共同关注的有2-HG、CD133、CXCR4、Vimentin、Nestin等。外文文献关注的基因标记物中,组织关注的有271个,细胞关注的有87个,基于数据库的生信关注有900个。细胞、组织和生信共同关注的有VEGF、TGFBI、CD44、COL1A2、COL3A1等。同时,外文文献关注的微小RNA有310个。中文文献关注的信号通路有MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、P53信号通路和Fas/Fas L信号通路。外文文献关注的信号通路有Wnt/β-catenin信号通路、Akt/ERK信号通路、Akt/Fox M1信号通路、ATM/Chk2/p53信号通路、CDK4/6-RB信号通路等。(2)胶质母细胞瘤诊断、预后标记物筛选:按阈值模型,差异表达的基因保留了581个。其中138个高表达,443个低表达,最终筛选出20个m RNAs。其中16个m RNAs(RNF10、MTPN、RTN4、HSPA5、PLD3、GRN、FLII、NDUFB2、DKK3、MAP1LC3A、SERPINE2、TTYH3、SCG5、FN1、TAGLN2、LY6E)为原癌基因,HRs为1.230~2.039,4个m RNAs为抑癌基因(RPS19、EIF3L、EIF4A2、FDPS),HRs为0.789~0.552。PI的HR为2.653(95%CI 1.976-4.122)(P<0.05)。PI的K-M曲线结果显示,3年和5年的AUC分别为0.824和0.820。差异表达的基因参与8个生物学过程,分别是细胞粘附分子锚定、分子伴侣结合、泛素蛋白连接酶结合、泛素样蛋白连接酶结合、钙粘蛋白结合、翻译起始因子活性、翻译因子活性RNA结合和未折叠蛋白结合。TCGA筛选的20个m RNAs在CGGA的单变量Cox结果表明,4个基因(MTPN、RTN4、MAP1LC3A和DKK3)与OS的相关性不显着,7个基因(LY6E、FLII、PLD3、EIF4A2、RNF10、RPS19和NDUFB2)仅在CGGA_325中具有统计学意义。其他9个基因(TTYH3、TAGLN2、FN1、HSPA5、EI3L、SCG5、SERPINE2、FDPS和GRN)在CGGA_693和CGGA_325中对预后均具有预测效应。SCG5和SERPINE2在CGGA和TCGA中表现出相反的作用,7个基因(TTYH3、TAGLN2、FN1、HSPA5、EI3L、FDPS和GRN)在TCGA和CGGA之间表现出相同的效应(原癌基因或抑癌基因)。20个m RNAs在CGGA的多因素Cox回归分析显示,考虑到其他临床混杂因素,PI仍然是关键预后预测因子。(3)胶质母细胞瘤诊断、预后标记物的实验验证:q RT-PCR与Western blot结果显示,与正常脑组织相比,胶质瘤组织中FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2基因m RNA和蛋白表达量显着升高(P<0.05),并且随着WHO分级的升高,m RNA和蛋白表达量逐渐升高;免疫组化的结果也显示,与正常脑组织相比,胶质瘤组织中FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2蛋白的阳性表达率显着升高(P<0.05),随着WHO分级的升高,阳性表达率逐渐升高。在A172细胞株中,与sh FN1-NC(negative control)组和sh HSPA5-NC组相比,sh FN1组、sh HSPA5组细胞24h、48h和72h的增殖率显着降低(P<0.05)、48h的凋亡率显着升高(P<0.05)、48h的迁移细胞数显着降低(P<0.05),Bax、Ecadherin m RNA、蛋白的表达量显着升高(P<0.05),Bcl-2和MMP9的m RNA、蛋白表达量显着减少(P<0.05)。与空白组相比,sh FN1-NC组和sh HSPA5-NC组细胞各指标均无显着变化。影响GBM患者PFS的单变量回归分析显示,FN1、HSPA5、TAGLN2、GRN阳性表达组患者PFS中位生存时间和平均生存时间显着降低(P<0.05);多变量回归分析结果显示,FN1、HSPA5和TAGLN2的表达对GBM患者PFS具有独立影响。影响GBM患者OS的单变量回归分析显示,FN1、HSPA5、TAGLN2、GRN阳性表达患者的OS中位生存时间和平均生存时间显着降低(P<0.05);多变量回归分析结果显示,FN1、HSPA5、GRN、TAGLN2表达对GBM患者OS具有独立影响(P<0.05)。结论(1)胶质母细胞瘤基因标记物研究的中文文献数量较少,外文文献数量相对较多,但是中外文研究的作者、研究机构和国家的合作还有很大的空间。中文研究主题相对分散,外文研究主题比较集中,但均有拓展的空间,在开展基因标记物组织和细胞研究的同时,更应该关注基因标记物对胶质母细胞瘤患者预后的影响。(2)通过生物信息学分析,20个基因与患者预后相关,分别为RNF10、MTPN、RTN4、HSPA5、PLD3、GRN、FLII、NDUFB2、DKK3、MAP1LC3A、SERPINE2、TTYH3、SCG5、FN1、TAGLN2、LY6E、RPS19、EIF3L、EIF4A2、FDPS。主要参与细胞粘附分子结合、伴侣结合、泛素蛋白连接酶结合等生物学功能,涉及肿瘤的增殖、侵袭、迁移等机制,由其建立的PI预测模型既可有效地预测TCGA中GBM的发病风险,也可预测中国GBM患者的发病风险。(3)20个基因中,在TCGA和CGGA数据库中具有相同表达趋势,且对GBM表现出相同效应的基因有7个,分别为TTYH3、TAGLN2、FN1、HSPA5、EI3L、FDPS和GRN,其中TTYH3、TAGLN2、FN1、HSPA5、GRN为原癌基因,EI3L、FDPS为抑癌基因。这7个基因是东、西方人均适用的胶质母细胞瘤诊断、预后标记物。(4)FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2在胶质瘤组织的高表达可能对胶质瘤的发生发展具有促进作用,FN1、HSPA5的高表达,通过增强肿瘤细胞增殖、抑制凋亡、促进转移,影响其生物学行为,从而促进胶质瘤的进展。(5)FN1、HSPA5、TAGLN2、GRN的高表达,影响胶质母细胞瘤患者的无进展生存期和总生存期,且与胶质母细胞瘤患者的预后呈负相关,可作为胶质母细胞瘤诊断、预后双重标记物,为临床诊疗探索新的治疗靶点提供参考。
陆玉成[9](2019)在《Ⅱ型糖尿病相关的中心体扩增的分子机制研究》文中进行了进一步梳理Ⅱ型糖尿病(T2DM)是严重影响身体健康、对家庭经济造成多重影响的一种慢性疾病。当前越来越多的证据表明,T2DM可以增加患癌的风险及癌症差的预后。然而,人们对T2DM与癌症之间的生物学联系,和T2DM引发癌症的分子机制还知之甚少。中心体扩增已被证实是肿瘤的特征之一,并且中心体扩增可以诱导癌症的发生,增加肿瘤细胞的侵袭能力。同时,也与较差的癌症预后相关。可是,关于T2DM是否通过中心体扩增而引发癌症的研究,截至目前为止尚未见报道;而且T2DM是否引起中心体扩增,以及造成中心体扩增的分子机制研究也不清楚。本学位论文研究了体外模拟T2DM的病理生理条件,使用功能蛋白质组学、分子生物学和细胞生物学相关技术与手段,寻找T2DM引起中心体扩增的相关蛋白分子以及相关信号通路。验证了在脑胶质瘤细胞中,同样发生了中心体扩增,并且与脑胶质瘤的分期相关。研究内容包含以下四个部分:第一部分:利用功能蛋白质组学方法研究Ⅱ型糖尿病引起中心体扩增的分子机制。最近研究报道,在结直肠癌HCT116细胞株中,T2DM通过增强ROCK1/14-3-3σ复合体的表达、绑定和中心体移位来促进中心体扩增。使用功能蛋白质组学研究策略,利用HCT116细胞,进一步研究了中心体扩增的分子信号通路。以未处理的HCT116细胞为对照组,高糖、高脂、高胰岛素的体外模拟T2DM的病理生理条件的HCT116细胞为处理组。使用免疫荧光法检测了两种类型组别细胞中心体的扩增情况。结果显示,在处理组细胞中,发生了中度(3-5个)中心体扩增;使用2-DE方法分析了两种类型组别细胞的蛋白差异点。结果显示,与对照组相比,处理组出现了9个差异蛋白,其中7个上调,2个下调;用多肽指纹图谱法鉴定了9个蛋白的身份。蛋白免疫印迹法检测了NPM、PCNA和14-3-3σ的蛋白表达,结果和2-DE的相符。进一步使用免疫荧光和蛋白质免疫印迹法,检测了NPM、PCNA和14-3-3σ之间的相关性。结果显示,NPM独自引起中心体扩增,PCNA通过ROCK1调控中心体扩增。以上研究表明,在高糖、高脂、高胰岛素的条件下,NPM活性增加可以诱导中心体扩增;同时PCNA和14-3-3σ表达增强,增强了中心体的扩增。第二部分:JNK1/Stat3信号通路负向调控中心体扩增。中心体扩增可以诱导癌症的发生,增加肿瘤细胞的侵袭能力。那么,是否存在在T2DM的病理生理条件下的负向调控机制呢?鉴于此,使用蛋白质免疫印迹法,检测了对照组和处理组两组细胞中JNK1和Stat3活性情况。结果显示,在高糖、高脂、高胰岛素条件下,JNK1和Stat3活性均被激活;通过JNK1和Stat3的沉默实验发现,在处理组中,两个蛋白被敲低之后均上调了中心体的扩增;此外,构建了pcDNA3.1(+)-JNK1的真核表达载体,转染细胞后发现,处理组中JNK1的过表达下调了中心体的扩增;同时,使用蛋白质免疫印迹法,检测了JNK1和Stat3上下游之间的关系发现,JNK1是Stat3的上游效应分子;进一步研究发现,JNK1和Stat3均影响了14-3-3σ的表达,从而影响中心体扩增。以上研究表明,高糖、高脂、高胰岛素激活了JNK1-Stat3的信号通路,调控了下游效应分子14-3-3σ,从而调控了细胞的中心体扩增,为进一步的癌症预防奠定了理论基础。第三部分:Hsp74/14-3-3σ复合体介导中心体扩增。功能蛋白质组学研究发现,T2DM通过增强14-3-3σ的表达来促进中心体扩增,而JNK1-Stat3也通过14-3-3σ负向调控了中心体扩增。在本研究中,进一步研究了T2DM在生理病理条件下,14-3-3σ的特征及其相互作用的蛋白质。采用免疫共沉淀联合质谱分析,确认了与14-3-3σ互作的134个蛋白质,其中包括70kDa热休克蛋白4(Hsp74)。GO分析显示,这些蛋白质中有许多具有丰富的结合活性。KEGG分析显示,处于前3位的富集途径为核糖体、碳代谢和氨基酸生物合成。分子和功能的研究揭示,实验处理后增加了14-3-3σ/Hsp74的表达和绑定以及中心体扩增。但是,使用siRNA-14-3-3σ和siRNA-Hsp74处理后,抑制了处理组增加的表达、绑定和中心体扩增。此外,分子对接分析表明,14-3-3σ/Hsp74相互作用,主要是通过疏水作用力和一个较小程度上离子键和氢键。总之,研究结果表明,T2DM通过14-3-3σ和Hsp74的表达和绑定引起了中心体扩增。第四部分:脑胶质瘤中心体的异常扩增及其和疾病分期的相关性。研究报道,在各种类型的肿瘤中均发现了中心体扩增。但是,关于中心体扩增与脑胶质瘤的关系及其与疾病分期的相关报道还很少。因此,本研究使用HE染色法,将收集到的40例胶质瘤标本和10例正常脑组织标本进行分级;使用免疫组织化学法检测了Ki67和γ-tubulin蛋白表达。结果表明,Ki67在正常脑组织中没有表达,但在/级、级和V级中,阳性表达率分别为65%、80%和100%,各组间差异具有统计学意义(P<0.01),说明Ki67的表达与胶质瘤级别相关;同时,g-tubulin蛋白在各个标本中的表达率分别为:30%、50%、80%和100%,各组间差异具有统计学意义(P<0.01),说明胶质瘤级别升高,中心体扩增率增加;使用免疫荧光检测各级别组织标本发现,中心体扩增率和脑胶质瘤的级别呈正相关。总而言之,中心体扩增是脑胶质瘤的恶性程度的特征之一,并且与胶质瘤发病阶段有关,提示中心体扩增和脑胶质瘤的发展具有密切的相关性。综上所述,本研究发现,T2DM的病理生理条件引起了细胞中心体的扩增,且揭示了相关的分子机制;在脑胶质瘤中不但发现了中心体的扩增,而且还和疾病的分期相关。因此,中心体扩增分子机制的发现,将有助于开发抑制T2DM引起中心体扩增的方法。本研究有助于阐明T2DM引起中心体扩增的分子机制,但对于是否对癌症的发生有促进作用尚待探索。如果是这样,那么抑制中心体扩增对T2DM患者的癌症预防将具有非常重要的意义。
季晓燕[10](2018)在《蛋白质组学指引下的自噬接头蛋白P62/SQSTM1诱导葡萄膜黑色素瘤和神经胶质瘤恶性进展的实验研究》文中研究指明背景与目的:随着肿瘤研究的深入,对共生于同一机体内的肿瘤细胞(Tumor cell,TC)和TC所在的肿瘤微生态环境(tumor microenvironment,TME)之间关系的认识正在不断加深。在初始阶段,TC被寄生地免疫细胞攻击的同时,前者也对寄生地组织进行组织重构。这种重构实际上还包括对攻击TC的免疫细胞进行改造。一旦改造成功,TC不但可以生存,而且获得了恶性进展的潜能。目前对TC在TME中获得恶性进展的分子机制尚未完全阐明,特别是在此进程中起关键作用的靶分子仍有待深入揭示。本文蛋白质组学分析旨在筛选TME诱导TC恶性进展的关键蛋白分子,为研究既能靶向TC又能针对TME双向治疗的靶分子提供实验依据。材料与方法:①葡萄膜黑色素瘤92.1细胞于裸小鼠球后接种,致瘤后取肿瘤组织,制备原代单细胞体外培养,单克隆高增殖力细胞,进行相关分子生物学检测②iTRAQ/TMT蛋白全定量分析及目标蛋白筛选和验证③基于蛋白质组学分析结果,从TCGA肿瘤基因数据库中筛选与关键功能蛋白密切相关基因,在胶质瘤临床手术标本以及胶质瘤细胞系进行验证。结果与分析:①92.1细胞经眼球后接种,早期在受体动物葡萄膜附近组织生长,中期局限在眼眶内、晚期肿瘤侵及眼眶外、颅内、肺和肾脏,动物模型制备达到了葡萄膜黑色素瘤原位接种模型的要求。②从92.1眶内实体移植瘤组织中成功单克隆到一株高增殖力细胞(92.1B),经相关细胞和分子生物学检测及致瘤实验,证实这株细胞的肿瘤生物学特性比其亲本的92.1细胞更强。③从92.1、92.1B和92.1A(源于92.1裸鼠脑室异位移植瘤单克隆再培养所得到的比92.1恶性表型更强的细胞)三株细胞iTRAQ/TMT蛋白质全定量分析中筛选到三个靶分子:P62/SQSTM1、CDK1和CASP3。生物信息学分析提示其为调控92.1恶性进展的关键蛋白分子,发现P62/SQSTM1与诱导Nanog、SOX2、OCT4等多能干细胞基因表达上调以及GBP1的高表达相关,且与临床患者预后相关。结论与展望:①人葡萄膜黑色素瘤异种原位移植动物模型优于纯动物(鼠黑色素瘤细胞在鼠或兔体内移植瘤模型)的模拟性,因动物眼球太小,在制作上存在一定困难,在葡萄膜黑色素瘤研究领域,本研究首次报告建立自发绿色荧光蛋白示踪TME的受体动物模型,建模所用细胞为长期体外传代的细胞系,为了避免长期传代有可能带来的体外分子变异,拟进一步制备源于临床新鲜人葡萄膜黑色素瘤手术标本的异种原位移植动物模型。②iTRAQ/TMT蛋白质全定量分析可用于癌症分子机制研究,本文首次报告在TC和TME关联研究中,发现P62/SQSTM1、CDK1和CASP3为TME诱导TC恶性进展的关键蛋白,尚需深入研究P62/SQSTM1、CDK1和CASP3三者之间在TME诱导TC恶性进展的调控上是否存在因果关系,以及敲低表达或使用抑制剂后TC是否出现良性转化。③GBP1在胶质瘤中促进肿瘤细胞侵袭,本研究报告了 GBP1表达与胶质瘤恶性进展以及临床患者预后的相关性,P62/SQSTM在GBP1通路中的作用值得继续研究。
二、蛋白质组学技术及其在脑胶质瘤研究中的应用(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、蛋白质组学技术及其在脑胶质瘤研究中的应用(论文提纲范文)
(1)肾透明细胞癌定量蛋白质组学研究及ANXA4对肾透明细胞癌生物学功能的调控(论文提纲范文)
指导教师对博士论文的评阅意见 |
指导小组对博士论文的评阅意见 |
答辩决议书 |
中文摘要 |
abstract |
英文缩略词 |
第1章 引言 |
第2章 文献综述 ANNEXINA4与肿瘤的研究进展 |
2.1 ANNEXINA4的结构及生物学特性 |
2.2 ANNEXINA4在肿瘤发生发展中的作用 |
2.2.1 AnnexinA4与泌尿系统肿瘤 |
2.2.2 AnnexinA4与消化系统肿瘤 |
2.2.3 AnnexinA4与妇科肿瘤 |
2.2.4 AnnexinA4与肺癌 |
2.2.5 AnnexinA4与乳腺癌、甲状腺癌 |
2.2.6 AnnexinA4与其他肿瘤 |
2.3 总结 |
第3章 肾透明细胞癌与癌旁组织的差异蛋白质组学研究 |
3.1 前言 |
3.2 材料与方法 |
3.2.1 临床样本 |
3.2.2 实验仪器 |
3.2.3 实验材料及试剂 |
3.2.4 试剂配制 |
3.2.5 实验方法 |
3.3 结果 |
3.3.1 肾透明细胞癌及癌旁组织中差异表达蛋白 |
3.3.2 差异蛋白的GO分析及KEGG pathway分析 |
3.3.3 AnnexinA4蛋白差异表达情况 |
3.4 讨论 |
3.5 小结 |
第4章 ANNEXINA4多克隆抗体的制备及其在肾透明细胞癌中的差异表达验证 |
4.1 前言 |
4.2 材料与方法 |
4.2.1 实验材料 |
4.2.2 实验仪器 |
4.2.3 实验试剂及耗材 |
4.2.4 试剂配制 |
4.2.5 实验方法 |
4.3 结果 |
4.3.1 ANXA4单克隆抗体制备 |
4.3.2 Western-Blotting验证ANXA4在肾透明细胞癌组织中差异表达 |
4.3.3 免疫组化验证ANXA4在肾透明细胞癌组织中表达水平及表达位置差异 |
4.3.4 肾透明细胞癌中ANXA4表达水平与临床病理参数之间的关系 |
4.4 讨论 |
4.5 小结 |
第5章 ANXA4对肾透明细胞癌细胞生物学行为的影响 |
5.1 前言 |
5.2 材料与方法 |
5.2.1 实验材料 |
5.2.2 主要仪器 |
5.2.3 主要试剂 |
5.2.4 试剂配制 |
5.2.5 实验方法 |
5.3 结果 |
5.3.1 稳定转染细胞系的构建 |
5.3.2 ANXA4表达水平对肾透明细胞癌细胞迁移能力的影响 |
5.3.3 ANXA4表达水平对肾透明细胞癌细胞侵袭能力的影响 |
5.3.4 ANXA4表达水平对肾透明细胞癌细胞凋亡的影响 |
5.3.5 ANXA4表达水平对肾透明细胞癌细胞增殖能力的影响 |
5.3.6 体内研究ANXA4对肾透明细胞癌增殖、侵袭的影响 |
5.4 讨论 |
5.5 小结 |
第6章 ANXA4影响肾透明细胞癌生物学行为的机制研究 |
6.1 前言 |
6.2 材料与方法 |
6.2.1 实验材料 |
6.2.2 主要仪器 |
6.2.3 主要试剂 |
6.2.4 实验方法 |
6.3 结果 |
6.3.1 ANXA4过表达及沉默细胞系中侵袭相关因子的变化 |
6.3.2 ANXA4过表达及沉默细胞系中ERK/MAPK、Wnt通路关键蛋白的变化 |
6.3.3 ANXA4过表达及沉默细胞系中凋亡相关因子的变化 |
6.4 讨论 |
6.5 小结 |
第7章 结论 |
参考文献 |
作者简介及攻读博士期间取得科研成果 |
致谢 |
(3)重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的毒性评价及重楼皂苷Ⅰ的肝毒性机制探究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
符号说明 |
文献综述 |
综述一 重楼的药效成分、药理作用和不良反应研究现状 |
1 药效成分 |
2 药理作用 |
3 不良反应研究现状 |
4 总结与讨论 |
参考文献 |
综述二 中药药源性肝损伤机制研究进展 |
1 CYP代谢 |
2 线粒体稳态 |
3 氧化损伤 |
4 细胞凋亡 |
5 胆汁淤积 |
6 Ca~(2+)浓度平衡破坏 |
7 免疫激活介导的炎症因子释放 |
8 特异反应 |
9 总结与讨论 |
参考文献 |
前言 |
技术路线图 |
第一章 重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的体内外毒性评价 |
第一节 重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的细胞毒性实验 |
1 概述 |
2 实验材料 |
3 实验方法 |
4 实验结果 |
第二节 模式生物-斑马鱼评价重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的毒性 |
1 概述 |
2 实验材料 |
3 实验方法 |
4 实验结果 |
第三节 重楼皂苷Ⅰ的小鼠毒性实验研究 |
1 概述 |
2 实验材料 |
3 实验方法 |
4 实验结果 |
第四节 小结与讨论 |
1 重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的细胞毒性实验 |
2 模式生物-斑马鱼评价重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的毒性 |
3 重楼皂苷Ⅰ的小鼠毒性实验研究 |
本章总结与讨论 |
第二章 重楼皂苷Ⅰ的细胞毒性机制研究 |
第一节 肝细胞毒性机制研究 |
1 概述 |
2 实验材料 |
3 实验方法 |
4 实验结果 |
第二节 心血管细胞毒性机制研究 |
1 概述 |
2 实验材料 |
3 实验方法 |
4 实验结果 |
第三节 小结与讨论 |
1 肝细胞毒性机制研究 |
2 心血管毒性机制研究 |
本章总结 |
第三章 基于蛋白组学和代谢组学探索重楼皂苷Ⅰ的体内肝毒性机制 |
第一节 TMT标记定量蛋白质组学 |
1 概述 |
2 实验材料 |
3 实验方法 |
4 实验结果 |
5 生物信息分析 |
6 机制分析 |
7 PPI网络 |
8 潜在生物标志物 |
第二节 Q300靶向代谢组学 |
1 概述 |
2 实验材料 |
3 实验方法 |
4 实验结果 |
5 通路富集 |
6 通路分析 |
7 潜在生物标志物 |
第三节 小结与讨论 |
1 TMT标记定量蛋白质组学 |
2 Q300靶向代谢组学 |
3 蛋白组学-代谢组学关联分析 |
第四节 重楼皂苷Ⅰ肝毒性机制验证 |
1 动物组织Western blot验证 |
2 斑马鱼qPCR实验验证 |
3 小结与讨论 |
结语 |
1 重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的体内外毒性评价 |
2 重楼皂苷Ⅰ的细胞毒性机制研究 |
3 重楼卓苷Ⅰ的蛋白组学和代谢组学研究 |
4 重楼皂苷Ⅰ肝毒性机制推测与分析 |
5 不足与展望 |
创新点 |
参考文献 |
致谢 |
个人简历 |
(4)基于“下气祛湿,解痹消痈”的仲景薏苡仁运用理论研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
文献综述 《金匮要略》薏苡四方研究述评 |
参考文献 |
前言 |
第一章 上篇:《金匮要略》薏苡四方仲景原文原意考证及后世流变梳理 |
第一节 考证仲景原文原意及梳理后世流变的方法 |
1 版本校勘,明确仲景原文 |
2 字义考证,回归仲景原意 |
3 针对疑难问题,梳理注家观点 |
4 整理医案,分析后世应用传承与流变 |
第二节 考证仲景原文原意及梳理后世流变的意义 |
第三节 麻杏苡甘汤之仲景原文原意考证及后世流变梳理 |
1 版本校勘 |
2 字义考证 |
3 主要疑难问题及相关注解整理与辨析 |
4 医案分析 |
5 小结 |
第四节 薏苡附子散之仲景原文原意考证及后世流变梳理 |
1 版本校勘 |
2 字义考证 |
3 主要疑难问题及相关注解整理与辨析 |
4 医案分析 |
5 小结 |
第五节 薏苡附子败酱散之仲景原文原意考证及后世流变梳理 |
1 版本校勘 |
2 字义考证 |
3 主要疑难问题及相关注解整理与辨析 |
4 医案分析 |
5 小结 |
第六节 《千金》苇茎汤之仲景原文原意考证及后世流变梳理 |
1 版本校勘 |
2 字义考证 |
3 主要疑难问题及相关注解整理与辨析 |
4 医案分析 |
5 小结 |
第七节 上篇总结 |
1 薏苡四方文献考证结果汇总 |
2 薏苡四方传承流变的综合分析 |
第二章 下篇:仲景薏苡仁运用理论研究 |
第一节 东汉时期之前的先民对薏苡的认识 |
1 薏苡的生物学特性及其种植情况 |
2 夏商时期薏苡崇拜及其遗留影响 |
3 截至东汉时期对薏苡药用价值的认识 |
4 小结 |
第二节 仲景运用薏苡仁临床经验及其对薏苡仁药用功能的发展 |
1 仲景对《金匮要略》薏苡四方所治疾病的认识 |
2 仲景对薏苡仁药用功能认识的发展 |
3 仲景运用薏苡仁的具体经验 |
第三节 后世对于仲景运用薏苡仁经验的传承与发展 |
1 后世本草着作中体现的对仲景运用薏苡仁经验的传承与发展 |
2 后世医案中体现的对仲景运用薏苡仁经验的传承与发展 |
第四节 下篇总结 |
第三章 附篇:基于蛋白组学的薏苡仁功效现代诠释初探 |
第一节 研究背景 |
1 蛋白组学研究介绍 |
2 蛋白组学与中医药 |
3 技术方法的选择 |
第二节 材料与方法 |
1 材料 |
2 方法 |
第三节 结果 |
1 定量蛋白质组学分析 |
2 生物信息分析 |
第四节 讨论和结论 |
1 对差异蛋白功能的解读及其与薏苡仁功效的关系分析 |
2 薏苡仁调节上述蛋白的成分基础分析 |
3 本研究的不足和未来工作展望 |
4 本研究的结论 |
第五节 附篇总结 |
结语 |
参考文献 |
致谢 |
附录 M现代医案来源目录 |
在学期间主要研究成果 |
(5)USP4对胰腺癌恶性生物学行为的影响及其作用机制研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
缩略词表 |
前言 |
材料和方法 |
实验材料 |
实验方法 |
实验结果 |
第一部分 USP4在胰腺癌中的表达及其预后意义探究 |
第二部分 USP4对胰腺癌恶性生物学行为影响的研究 |
第三部分 USP4对胰腺癌恶性生物学行为影响的机制初探 |
讨论 |
局限和展望 |
结论 |
参考文献 |
综述 USP4 function and multifaceted roles in cancer:a possible and potential therapeutic target |
References |
攻读学位期间取得的研究成果及奖励 |
致谢 |
(6)基于TMT蛋白质组学的差异蛋白PP1γ在胶质瘤中的作用及机制研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
第一部分 胶质瘤差异表达蛋白的筛选和初步验证 |
1 研究内容与方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 仪器与试剂 |
1.3 研究方法 |
1.4 统计学分析 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
第二部分 差异蛋白PP1γ与胶质瘤临床病理特征及预后的关系 |
1 研究内容与方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 仪器与试剂 |
1.3 研究方法 |
1.4 统计学分析 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
第三部分 PP1γ对胶质瘤细胞生物学行为的影响及机制研究 |
1 研究内容与方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 仪器与试剂 |
1.3 研究方法 |
1.4 数据统计 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
结论 |
致谢 |
参考文献 |
综述 蛋白磷酸酶 1 与恶性肿瘤关系的研究进展 |
参考文献 |
攻读博士学位期间发表的学术成果 |
个人简介 |
新疆医科大学博士研究生学位论文 导师评阅表 |
(7)弥漫大B细胞淋巴瘤信号通路相关microRNA和蛋白质的筛选及功能研究(论文提纲范文)
中英文缩略词对照表 |
摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
第一部分: 弥漫大B细胞淋巴瘤差异microRNA的筛选及验证 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 实验方法 |
1.3 统计分析 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
第二部分: 弥漫大B细胞淋巴瘤差异蛋白质的筛选及验证 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 实验方法 |
1.3 统计分析 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
第三部分: hsa-miR-193a-3p靶向TCL1 调控PI3K/AKT信号通路影响弥漫大B细胞淋巴瘤细胞增殖、凋亡和周期的机制研究 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 实验方法 |
1.3 统计分析 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
结论 |
致谢 |
参考文献 |
综述 TCL1 的研究进展 |
参考文献 |
攻读博士学位期间发表的学术成果 |
个人简历 |
新疆医科大学博士研究生学位论文导师评阅表 |
(8)胶质母细胞瘤诊断预后标记物筛选及其验证的实验研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
第一章 前言 |
1.1 研究背景 |
1.1.1 中枢神经系统肿瘤的流行病学现状 |
1.1.2 胶质母细胞瘤的流行病学、诊断及治疗现状 |
1.1.3 胶质母细胞瘤基因标记物研究现状 |
1.1.4 胶质母细胞瘤基因标记物研究意义 |
1.2 研究目的 |
1.2.1 了解胶质母细胞瘤基因标记物研究现状及标记物表达 |
1.2.2 筛选胶质母细胞瘤诊断、预后标记物 |
1.2.3 验证胶质母细胞瘤诊断、预后标记物 |
1.3 研究内容 |
1.3.1 胶质母细胞瘤基因标记物研究现状分析 |
1.3.2 胶质母细胞瘤诊断、预后标记物的筛选 |
1.3.3 胶质母细胞瘤诊断、预后标记物的实验验证 |
1.4 研究方法 |
1.4.1 文献计量学 |
1.4.2 生物信息学 |
1.4.3 分子生物学技术及主要统计方法 |
1.5 研究技术路线图 |
参考文献 |
第二章 胶质母细胞瘤基因标记物文献可视化分析 |
2.1 研究背景 |
2.1.1 胶质母细胞瘤基因标记物文献可视化分析的必要性 |
2.1.2 胶质母细胞瘤基因标记物文献可视化分析技术路线图 |
2.2 数据和方法 |
2.2.1 数据来源与检索策略 |
2.2.2 纳入排除标准及文献筛选 |
2.2.3 数据处理及分析方法 |
2.3 结果 |
2.3.1 文献检索及筛选结果 |
2.3.2 时间分布 |
2.3.3 国家和地区分布 |
2.3.4 机构分布 |
2.3.5 期刊分布 |
2.3.6 作者分析 |
2.3.7 关键词分析 |
2.3.8 基因标记物表达分析 |
2.3.9 基因标记物生物学功能及通路分析 |
2.4 讨论 |
2.5 结论 |
参考文献 |
第三章 胶质母细胞瘤基因标记物筛选的生物信息学分析 |
3.1 研究背景 |
3.1.1 生物信息学简介 |
3.1.2 生物信息学在胶质母细胞瘤基因标记物研究的进展 |
3.1.3 生物信息学方法筛选胶质母细胞瘤基因标记物技术路线图 |
3.2 数据和方法 |
3.2.1 数据来源 |
3.2.2 差异表达基因分析 |
3.2.3 预后基因筛选 |
3.2.4 预后指数模型的构建 |
3.2.5 PI及临床混杂因素分析 |
3.2.6 生存分析和模型检验 |
3.2.7 GO基因富集分析 |
3.2.8 筛选基因在CGGA数据集中的验证 |
3.2.9 统计分析方法 |
3.3 结果 |
3.3.1 TCGA胶质母细胞瘤患者肿瘤组织与GTEx数据集中正常脑组织差异表达基因分析 |
3.3.2 预后相关基因分析 |
3.3.3 PI构建 |
3.3.4 临床因素及其与PI的协同作用 |
3.3.5 生存分析和模型检验 |
3.3.6 GO富集分析结果 |
3.3.7 筛选基因在CGGA数据集的验证 |
3.3.8 CGGA数据集对模型预后预测能力的验证 |
3.4 讨论 |
3.5 结论 |
参考文献 |
第四章 胶质母细胞瘤诊断、预后标记物的实验验证 |
4.1 研究背景 |
4.1.1 前言 |
4.1.2 胶质母细胞瘤诊断、预后标记物验证实验技术路线图 |
4.2 材料与方法 |
4.2.1 实验试剂耗材和实验仪器 |
4.2.2 研究对象 |
4.2.3 实时荧光定量PCR组织检测 |
4.2.4 Western Blot组织检测 |
4.2.5 免疫组织化学检测 |
4.2.6 细胞培养及传代 |
4.2.7 FN1、HSPA5 沉默载体的构建 |
4.2.8 qRT PCR与 Western blot实验对沉默效果的验证 |
4.2.9 MTT检测 |
4.2.10 流式细胞术凋亡检测 |
4.2.11 Transwell小室迁移实验 |
4.2.12 实时荧光定量PCR细胞检测 |
4.2.13 Western blot细胞检测 |
4.2.14 临床随访 |
4.2.15 统计分析与处理 |
4.3 结果 |
4.3.1 组织实验结果 |
4.3.1.1 患者基线数据 |
4.3.1.2 FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2 基因mRNA在各级别胶质瘤中表达 |
4.3.1.3 FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2 蛋白在各级别胶质瘤表达的western blot结果 |
4.3.1.4 FN1、GRN、HSPA5、TTYH3、TAGLN2 蛋白在各级别胶质瘤表达的免疫组化结果 |
4.3.2 细胞实验结果 |
4.3.2.1 FN1、HSPA5基因在细胞中沉默效果的验证 |
4.3.2.2 FN1、HSPA5 基因沉默对细胞增殖的影响 |
4.3.2.3 FN1、HSPA5 基因沉默对细胞凋亡的影响 |
4.3.2.4 FN1、HSPA5 基因沉默对细胞迁移的影响 |
4.3.2.5 FN1、HSPA5 基因沉默对细胞Bax、Bcl-2、E-cadhrin、MMP9 mRNA表达的影响 |
4.3.2.6 FN1、HSPA5基因沉默对细胞Bax、Bcl-2、E-cadhrin、MMP9蛋白表达的影响 |
4.3.3 临床随访结果 |
4.3.3.1 随访对象基本信息及基因表达情况分析 |
4.3.3.2 影响患者PFS的单变量、多变量Cox回归分析与生存曲线 |
4.3.3.3 影响患者OS的单变量、多变量Cox回归分析与生存曲线 |
4.3.3.4 基因差异表达与临床病理参数之间的相关性 |
4.4 讨论 |
4.5 结论 |
参考文献 |
第五章 总结与展望 |
5.1 研究结论 |
5.2 创新点 |
5.3 研究展望 |
附录 |
缩略语表 |
在学期间的研究成果 |
一、发表论文 |
二、参与项目 |
致谢 |
(9)Ⅱ型糖尿病相关的中心体扩增的分子机制研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
第一章 综述 |
1 中心体 |
1.1 中心体结构 |
1.2 中心体的复制 |
2 中心体扩增 |
2.1 中心体扩增的介绍 |
2.2 中心体扩增、异倍体与染色体不稳定性 |
2.3 中心体扩增的后果 |
3 中心体扩增与癌症 |
3.1 中心体扩增与实体瘤 |
3.1.1 乳腺癌 |
3.1.2 结直肠癌 |
3.1.3 宫颈癌 |
3.1.4 前列腺癌 |
3.1.5 卵巢癌 |
3.2 中心体扩增与血液恶性肿瘤 |
3.2.1 霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤 |
3.2.2 急性髓系白血病 |
3.2.3 慢性髓系白血病 |
3.2.4 多发性骨髓瘤 |
4 2型糖尿病 |
4.1 2型糖尿病与癌症的生物学关系 |
4.2 2型糖尿病与中心体扩增 |
5 本学位论文的研究意义和研究内容 |
第二章 功能蛋白质组学研究Ⅱ型糖尿病引起中心体扩增的分子机制 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.1.1 细胞株 |
1.1.2 主要实验试剂 |
1.1.3 siRNA引物 |
1.1.4 主要仪器设备 |
1.1.5 主要试剂配方 |
1.2 实验方法 |
1.2.1 细胞培养 |
1.2.2 高糖高脂高胰岛素处理细胞 |
1.2.3 细胞免疫荧光法 |
1.2.4 蛋白样品制备及定量 |
1.2.5 第一向电泳 |
1.2.6 第二向电泳 |
1.2.7 银染染色法 |
1.2.8 寻找差异蛋白点和差异点收集 |
1.2.9 差异蛋白点的身份鉴定 |
1.2.10 细胞转染 |
1.2.11 Western blotting分析 |
1.2.12 统计学分析 |
2 结果 |
2.1 高糖高脂高胰岛素诱导HCT116 细胞中心体扩增 |
2.2 高糖高脂高胰岛素引起蛋白差异表达 |
2.3 蛋白质身份鉴定 |
2.4 PCNA、NPM和14-3-3σ介导了中心体扩增 |
2.5 PCNA通过ROCK1 促进中心体扩增 |
3 讨论 |
4 小结 |
第三章 JNK1/STAT3 信号通路负向调控中心体扩增 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.1.1 细胞株、菌株和质粒 |
1.1.2 主要实验试剂 |
1.1.3 引物 |
1.1.4 主要仪器设备 |
1.1.5 主要试剂配方 |
1.2 实验方法 |
1.2.1 细胞培养 |
1.2.2 高糖高脂高胰岛素处理 |
1.2.3 Western blot方法检测蛋白表达 |
1.2.4 JNK1 真核表达载体的构建 |
1.2.5 细胞瞬时转染 |
1.2.6 统计学分析 |
2 结果 |
2.1 高糖高脂高胰岛素促进JNK蛋白活性 |
2.2 高糖高脂高胰岛素通过JNK1 影响中心体扩增 |
2.3 JNK1 过表达抑制中心体扩增 |
2.4 高糖高脂高胰岛素促进Stat3 蛋白活性 |
2.5 抑制Stat3 表达促进中心体扩增 |
2.6 JNK1是Stat3 的上游分子 |
2.7 通过JNK1/Stat3/14-3-3σ信号通路影响中心体扩增 |
3 讨论 |
4 小结 |
第四章 Hsp74/14-3-3σ复合体介导中心体扩增 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.1.1 细胞株 |
1.1.2 主要试剂 |
1.1.3 主要仪器 |
1.1.4 主要试剂配方 |
1.2 实验方法 |
1.2.1 细胞培养 |
1.2.2 高糖高脂高胰岛素处理 |
1.2.3 细胞免疫荧光方法 |
1.2.4 免疫共沉淀方法 |
1.2.5 蛋白上样前准备 |
1.2.6 液相色谱串联质谱分析 |
1.2.7 蛋白身份鉴定 |
1.2.8 生物信息学分析 |
1.2.9 小干扰RNA(siRNA)转染 |
1.2.10 免疫印迹分析 |
1.2.11 同源建模和分子对接 |
1.2.12 统计学分析 |
2 结果 |
2.1 高糖高脂高胰岛素诱导中心体扩增 |
2.2 识别14-3-3σ互作蛋白质 |
2.3 14-3-3σ互作蛋白的生物信息学分析 |
2.4 Hsp74 介导中心体扩增 |
2.5 14 -3-3σ-Hsp74 复合体是中心体扩增所必需的 |
2.6 14 -3-3σ和Hsp74 的分子对接 |
3 讨论 |
4 小结 |
第五章 脑胶质瘤中心体的异常扩增及其和疾病分期的相关性 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.1.1 组织标本 |
1.1.2 主要试剂 |
1.1.3 主要设备 |
1.2 实验方法 |
1.2.1 苏木精-伊红染色 |
1.2.2 免疫组织化学 |
1.2.3 免疫组织荧光 |
1.2.4 结果判定 |
1.2.5 统计学分析 |
2 结果 |
2.1 HE染色检测组织标本的病理变化情况 |
2.2 Ki-67 在胶质瘤中表达情况及其相关性 |
2.3 免疫组化检测γ-tubulin表达情况 |
2.4 免疫荧光检测中心体表达情况 |
3 讨论 |
4 小结 |
全文结论与展望 |
参考文献 |
附录 缩略表 |
攻读学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
个人简况及联系方式 |
(10)蛋白质组学指引下的自噬接头蛋白P62/SQSTM1诱导葡萄膜黑色素瘤和神经胶质瘤恶性进展的实验研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
序言 |
参考文献 |
第一部分 葡萄膜黑色素瘤模型的建立 |
1. 引言 |
2. 材料和方法 |
3. 结果 |
4. 讨论 |
参考文献 |
第二部分 肿瘤微环境促进葡萄膜黑色素瘤细胞的恶性进展 |
1. 引言 |
2. 材料和方法 |
3. 结果 |
4 讨论 |
参考文献 |
第三部分 蛋白质组学分析筛选TME调控92.1恶性进展的靶分子 |
1. 引言 |
2. 材料和方法 |
3. 结果 |
4. 讨论 |
参考文献 |
第四部分 神经胶质瘤恶性进展和预后相关基因的筛查与验证 |
1 引言 |
2 材料和方法 |
3. 结果 |
4. 讨论 |
参考文献 |
第五部分 GBP1在胶质瘤中的功能和作用机制 |
1 引言 |
2 材料和方法 |
3. 结果 |
4. 讨论 |
参考文献 |
全文小结与展望 |
文献综述 |
References |
攻读博士期间发表的论文 |
附录一 蛋白结构域富集数据 |
附录二 聚类分析 |
致谢 |
四、蛋白质组学技术及其在脑胶质瘤研究中的应用(论文参考文献)
- [1]肾透明细胞癌定量蛋白质组学研究及ANXA4对肾透明细胞癌生物学功能的调控[D]. 郭佳. 吉林大学, 2021
- [2]蛋白质组学在糖尿病肾病生物标志物应用中的研究进展[J]. 张宇,刘东伟,梁璐璐,潘少康,张少雷,刘章锁. 中华医学杂志, 2021(30)
- [3]重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ的毒性评价及重楼皂苷Ⅰ的肝毒性机制探究[D]. 王文平. 北京中医药大学, 2021(02)
- [4]基于“下气祛湿,解痹消痈”的仲景薏苡仁运用理论研究[D]. 窦豆. 北京中医药大学, 2021
- [5]USP4对胰腺癌恶性生物学行为的影响及其作用机制研究[D]. 王奕智. 北京协和医学院, 2021(02)
- [6]基于TMT蛋白质组学的差异蛋白PP1γ在胶质瘤中的作用及机制研究[D]. 薛晶. 新疆医科大学, 2021(08)
- [7]弥漫大B细胞淋巴瘤信号通路相关microRNA和蛋白质的筛选及功能研究[D]. 高海霞. 新疆医科大学, 2021(08)
- [8]胶质母细胞瘤诊断预后标记物筛选及其验证的实验研究[D]. 刘婕婷. 兰州大学, 2021(09)
- [9]Ⅱ型糖尿病相关的中心体扩增的分子机制研究[D]. 陆玉成. 山西大学, 2019(01)
- [10]蛋白质组学指引下的自噬接头蛋白P62/SQSTM1诱导葡萄膜黑色素瘤和神经胶质瘤恶性进展的实验研究[D]. 季晓燕. 苏州大学, 2018(04)